Mặc dù nằm ở vùng xa xôi, Irkutsk đã được báo cáo vào năm 2004 có tỷ lệ nhiễm HIV cao nhất ở Nga. Hàng chục ngàn người nghiện ma túy, chủ yếu là người dân tộc Nga ở độ tuổi từ giữa đến cuối giai đoạn thiếu niên bị nhiễm bệnh. Số trường hợp mắc bệnh AIDS được báo cáo đã tăng hơn 10.000% trong giai đoạn 1999-2000. Mặc dù dịch bệnh, bắt đầu từ năm 1999, được báo cáo là đã chậm lại, nhưng Irkutsk sẽ mất hàng chục ngàn dân số trong độ tuổi lao động từ năm 2010 trở đi. Đây là một trong những lý do tuổi thọ nam giới của Irkutsk, ở tuổi 53, là một trong những mức thấp nhất trong tất cả khu vực ở nước Nga. Các biện pháp phòng ngừa được đưa ra để ngăn chặn sự lây lan của dịch sang thế hệ được sinh ra sau khi Liên Xô tan rã.